Trong những tập đầu Marvels Agents of S.H.I.E.L.D Season 3, Daisy(Skye) là người có siêu năng lực duy nhất trong team Secret Warriors, bởi vì nó sẽ cần một thời gian để trở thành team hùng hậu.
Các học sinh Gifted vẫn tiếp tục bắt tay nhau để tìm cách lật đổ Hiệu trưởng trường. Cùng với hệ thống phân loại học sinh do ông lập nên. Nhiệm vụ này được khởi xướng bởi lớp trưởng Lớp Gifted Pang (Korapat Kirdpan) và Wave (Wachirawit Ruangwiwat). Có sự góp sức của các học sinh Gifted khóa tiếp theo, liệu họ có thành công trong nhiệm vụ đó?
Vừa tròn 18 tuổi, Daniel Holden bị kết án tử hình vì tội cưỡng dâm và giết chết cô bạn gái Hanna. Sau 19 năm ngồi trong xà lim tử tù, anh được thả do xét nghiệm DNA có nhiều mâu thuẫn. Giờ Daniel sẽ phải đối mặt ra sao với những thay đổi trong cuộc sống và trong gia đình anh, nay đã mở rộng hơn rất nhiều!
Neal Caffrey, một tay lừa đảo chuyên nghiệp, giả mạo và trộm cắp, bị bắt sau ba năm vờn FBI. Khi chỉ còn một tháng nữa là mãn hạn tù 4 năm, Neal đào tẩu từ một trong những nhà tù kiên cố nhất để tìm Kate, bạn gái của anh. Peter Burke, đặc vụ FBI, người duy nhất có khả năng bắt Neal, đã tìm thấy Caffrey và bắt anh lại vào tù.
Lynn, một học sinh thiên tài kiếm tiền bằng việc gian lận thi cử nhận được nhiệm vụ mới trên đất Úc. Tại đây cô và đồng bọn phải vượt qua kỳ thi quốc tế SAT và gửi đáp án về cho các bạn học trước khi kỳ thi diễn ra lần nữa tại quê nhà.