Câu chuyện xảy ra sau Ban đầu D và tập trung vào tương lai, trong đó những chiếc xe điện đã trở thành một hình ảnh hàng ngày. Kanata Livington trở về từ Anh sau khi tốt nghiệp trường đua xe. Mục tiêu của anh ta là thực hiện một mục đích nào đó thông qua việc đua xe.
Saiki Kusuo có một mảng rộng của các siêu cường tại lệnh của ông, trong đó có thần giao cách cảm và Telekinesis. Điều này có vẻ tuyệt vời, nhưng theo kinh nghiệm của Kusuo, siêu cường là không phải tất cả họ đang nứt lên được. Anh ta cố gắng sống một cuộc sống bình thường, mặc dù khả năng gây phiền nhiễu mình.
Shunichi là một tài năng về thể thao, tuy chỉ mới học lớp 5 nhưng cậu luôn nhận được rất nhiều lời mời gọi để thi đấu giúp các đội tuyển thể thao trong trường học của mình. Một hôm cậu buộc phải đấu Yoyo để chống lại kẻ bắt nạt và giúp bạn của cậu lấy lại Yoyo , trận đấu quyết liệt vàShunichi đã thắng. Nhưng sau đó cậu gặp Seito Hojoin một tài năng YoYo người đã dạy cho cậu ta biết thế nào mới thực sự là YoYo, tức giận và quyết tâm trả thù cậu bắt đầu luyện YoYo.
Cậu thiếu niên Tandoji Alma đang sống cuộc đời cô độc, bị bạn bè xa lánh ở một thành phố cảng thuộc vùng Kantou thì bỗng dưng Aiba Ruri - một cô gái lạ mặt đến xin nhờ cậy sức mạnh "Sacred Seven" mà cậu sở hữu. Tuy vây, Alma ngay lập tức từ chối, vì trong quá khứ sức mạnh này dã từng bị mất kiểm soát, khiến cậu đả thương rất nhiều người xung quanh.
Gundam Breaker Battlogue Project hướng tới củng cố mối liên kết giữa series game Gundam Breaker và các mẫu ráp hình Gundam (gunpla). Các Mobile Suit với thiết kế mới này sẽ xuất hiện trong cả game lẫn ngoài đời thực (mô hình gunpla).