Nhiệm vụ T là một hoạt động tình báo có vai trò cứu thế giới khỏi sự lụi tàn! Nhân vật chính là Negoro Botan, người được đào tạo thành Ninja từ khi còn nhỏ và được nuôi dạy như là đặc vụ tình báo giỏi nhất. Botan hợp tác cùng một đặc vụ tình báo khác, và tiếp nhận nhiệm vụ mang định mệnh toàn cầu.
The story is set in August of 2026 at the Fuji Training Facility. Natori Touko, a third-year middle school student in the Eastern Private Defense Academy, is entrenched in field training with instructor Kamiya. It has been a harsh training regiment, but it is finally the last day. Kamiya proposes a extracurricular class under the name Newest Weapons Research. But then, an incident occurs that rocks all of Japan.
Ở tương lai, khối liên minh loài người tại dải ngân hà vẫn đang phải liên tục chiến đấu để chống lại một thứ gọi là “Hideous”. Trong lúc cuộc chiến đang diễn ra cao trào thì Redo, một trung úy trẻ và vũ khí di động hình người của mình đã bị hút vào một lổ hổng không gian.
SS3 sau giải đấu Queens Blade,Claudette lên ngôi. 4 năm sau, có một chiến binh nổi dậy đứng lên chống lại sự chuyên chế của Nữ hoàngmới. Đó là Annelotte và câu chuyện kể xoay quanh cô
Ninja tưởng chừng như đã bị tiêu diệt sau Thế chiến thứ 2 nhưng thực ra họ vẫn còn tồn tại cho đến ngày nay, chỉ là không thực hiện nhiệm vụ công khai mà thôi.