Khi còn nhỏ, Makoto có một sức mạnh kì lạ cho phép cậu đọc được ký ức về thứ mà cậu chạm vào. Ẩn đi sức mạnh không thể kiểm soát của mình, Makoto làm việc trong lực lượng cảnh sát. Một ngày nọ, trong khi điều tra một vụ nổ tại một phòng thí nghiệm nghiên cứu một chất chưa biết tên là “XM”, Makoto ta thấy một ký ức bí ẩn.
Bối cảnh diễn ra vào năm 2046. Cậu Haruyuki Arita cảm thấy mình luôn bị xã hội hắt hủi. Tủi thân với thực tại, cậu đi tìm cảm giác hơn người trong thế giới game ảo. Tất cả đã thay đổi khi cậu gặp Kuroyuki Hime, cô gái nổi tiếng nhất của trường. Kuroyuki Hime đã đưa cậu vào Thế giới gia tốc qua một chương trình gọi là Brain Burst.
Một cặp vợ chồng của các nhà khoa học đã bị bắt vì tiến hành các nghiên cứu bất hợp pháp, được cho là đã thực hiện việc sửa đổi gen trên năm đứa con của họ. Cậu bé Dannis, là người duy nhất lớn lên như một con người bình thường, và đã trở thành thành viên duy nhất trong gia đình cố gắng tìm một loại thuốc để biến chúng thành người bình thường trở lại.
cuộc sống của anh chàng Hideki Motosuwa, một anh chàng trượt đại học và đang học luyện thi tại Seki ở Tokyo. Vốn là một chàng trai thật thà và khiêm tốn lớn lên ở nông trang, anh có rất ít kinh nghiệm với phụ nữ. Bên cạnh một người bạn gái thì điều mà anh ta mong muốn đã lâu chính là có được một persocom. Persocom là từ chỉ chung những người máy mang hình dáng con người được sử dụng như thông thường như một loại máy tính cá nhân.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ