Thuở xa xưa trước khi loài người xuất hiện. Có một chủng loài mạnh mẽ và tàn bạo đã làm chủ Trái Đất – loài quỷ. Lũ quỷ sống để chiến đấu và giết chóc. Nhưng thời kì thống trị của loài quỷ cũng chấm dứt. Kỉ băng hà đã chôn vùi bọn quỷ.
The story is set 10 years after Basilisk: Kouga Ninpou Chou in 1626. Câu chuyện xảy ra 10 năm sau bộ Basilisk: Kouga Ninpou Chou năm 1626
Lần này, những chiến binh dũng cảm phải chiến đấu với một tổ chức sát thủ bí mật chuyên giết người. Tổ chức này được biết tới với cái tên Dancing Swords (Những thanh gươm nhảy múa) họ tập trung những người có kỹ năng chiến đấu tốt và sức mạnh được thức tỉnh như của Hiyuu và mọi người chỉ có mục tiêu ám sát những kẻ sống ngoài vòng pháp luật. Hiyuu, Aoi, Kyoichi, Sakurai và Daigo bị tấn công bởi những kẻ này và phải chiến đấu chống lại chúng
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
tại một cửa hàng đồ cổ tại khu mua sắm Teramachi Sanjou ở Kyoto; xoay quanh một anh chàng Kyoto đẹp trai và một cô nữ sinh cao trung. Một ngày nọ, cô nữ sinh Aoi Mashiro tình cờ gặp mặt Kiyotaka Yagashira - con trai của chủ tiệm, và cô trở thành nhân viên part-time tại nơi đó luôn.