bối cảnh của những năm 1937 vào đêm trước của chiến tranh thế giới II,đó là những câu chuyện liên quan đến tổ chức đào tạo điệp viên bí mật.Họ đã tuyển cả những người không phải là sinh viên tốt nghiệp học viện quân sự để làm nhân viên của mình.Bắt đầu huấn luyện họ thành những tay điệp viên có đầy đủ kĩ năng lẫn kinh nghiệm.
Trong tương lai không xa, một trò chơi đối kháng mới được thiết lập dựa trên công nghệ thực tế ảo và sử dụng Bankfon G, giống như Mortal Kombat nhưng người chơi sẽ có thể thuê những trang phục giúp tăng thuộc tính và sức mạnh của mình.
Okajima Rokuro (aka Rock) đến Đông Nam Á để chuyển phát 1 cái CD mật , anh bị bắt bởi 1 toán cướp biển tên là , Black Lagoon.Dù anh vẫn hy vọng là được giải cứu đã bị công ty đá ra ngoài đường, vì để lộ bí mật chiếc CD. Anh vùng vẫy để tồn tại tưởng chừng trong vô vọng. Cuối cùng anh vứt bỏ lại tất cả trở thành 1 hải tặc của Black Lagoon với biệt danh Rock
Seigi một cậu bé trung học giỏi võ thuật luôn khao khát bảo vệ những người yếu đuối xung quanh cậu. Trong một lần vô tình giải cứu một người đàn ông vô gia cư khỏi đám côn đồ càn quấy, Seigi đã được người đàn ông đó trao tặng Dấu Ấn - Vũ khí tối mật được Mỹ phát triển đồng thời Seigi cũng bị cuốn luôn vào trận chiến giữa Mỹ và vương quốc Serinistan hùng mạnh.
Hanasaki Tsubomi là một nữ sinh lớp 8 thích hoa và cây cối. Một ngày nọ cô ấy mơ một giấc mơ kỳ lạ. Trong giấc mơ đó, một cây to đầy bông đã xuất hiện. Đột nhiên nó mất tất cả hoa và một nàng tiên xuất hiện. Vài ngày sau Tsubomi chuyển đến Meidou Gakuen,đột nhiên tiên từ giấc mơ xuất hiện và kêu Tsubomi trở thành chiến binh huyền thoại Pretty Cure và bảo vệ cây Tree of Hearts. Từ đây, những Pretty cure mới ra đời!