Tiếp nối serie về Digimon Xros Wars, câu chuyện lần này vẫn về Kudou Taiki và các nhân vật mới. Câu chuyện lần này sẽ xoay quanh 1 bí mật ở Thế giới tồn tại giữa thế giới con người và thế giới số, nhân vật chính là Akashi Tagiru
Khi 3 kẻ hoàn toàn xa lạ với nhau, Mishiba Toki, Nakajou Nobuto và Saitou Kazu được một tổ chức chọn để tham gia vào Bus Game, dưới hình thức là một dạng võ đài đánh nhau ngầm giữa 2 hay nhiều cá nhân ẩn chứa nhiều điều bí ẩn, họ đã quyết định chọn tên cho team của mình là “AAA” (tức là 3 chữ anonymous – nghĩa là kẻ không có tên).
Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí
Kazuki một anh chàng có khả năng nhìn thấy những hình ảnh của các robot đánh nhau và viết lại thành một trang wed vì vậy cậu ta luôn bị xem là một kẻ lập dị.
Câu chuyện diễn ra với bối cảnh cận trung cổ, khi các phù thủy đều bị giáo hội săn lùng vào thiêu sống. Gái đẹp thiên tài ma nữ Zero cùng cùng chàng linh đánh thuê người thú hóa lên đường đi tìm lại quyển Book of Zero, vốn do gái đẹp Zero viết ra nhằm khiến thế giới tốt đẹp hơn nhưng lại bị sử dụng sai mục đích ban đầu