Vào năm 1939 ,Chủ nghĩa đế quốc Germania bát ngờ xâm lược các nước láng giềng . Sau đó chiến tranh làn dần và lan rộng ra châu âu.Thâm chí lúc này cả thế giới dường như bị lôi kéo vào vòng xoáy của 1 cuộc chiến tranh thế giới .Đến năm 1940 , Principality của Elystadt một quốc gia nhỏ ở dưới dãy núi Alps cũng bị tấn công, từ đó câu chuyện bắt đầu
Valkyria Chronicles is set in a fictitious continent reminiscent of 1930s Europe. The continent, called Europa, is divided into two main powers: The Imperial Empire, a monarchy in the east, and the alliance of democracies called the Federation in the west.
Scorpion tên thật là Hanzo Hashashi, người vừa lãnh đạo bộ lạc Shirai Ryu trở nên bất khả chiến bại và làm tất cả đối thủ khiếp sợ. Sức mạnh của Hanzo vừa khiến anh bị nhiều kẻ thù dòm ngó. Bọn chúng thậm chí còn đặt cho anh biệt hiệu Scorpion (Bò cạp).
Trong tương lai không xa, một trò chơi đối kháng mới được thiết lập dựa trên công nghệ thực tế ảo và sử dụng Bankfon G, giống như Mortal Kombat nhưng người chơi sẽ có thể thuê những trang phục giúp tăng thuộc tính và sức mạnh của mình.
Liones Yelistratova một cô công chúa từ một đất nước nhỏ, vào một trường học ở Hokkaido vào mùa xuân. Trường có một tổ chức giáo dục chuyên biệt do ALCA điều hành để đào tạo các nhà Logicalist, những người duy trì hòa bình thế giới. Liones bước vào lớp S, nơi cô gặp nhiều bạn cùng lớp với những tính cách độc đáo, như Nina.