Câu chuyện diễn ra nửa năm sau khi sự kiện Wars Divine kết thúc, chính quyền liên minh Trái Đất phải đối mặt với phiến quân Divine Crusaders và chủng tộc ngoài hành tinh Aerogators. Khi cuộc đấu tranh vẫn tiếp tục chống lại tàn dư của phiến quân Divine Crusader, một mối đe dọa mới từ chủng tộc ngoài hành tinh đến gần.
Vào lúc 10 tuổi, những người bạn thân nhất là Musashi và Kojiro đã ngồi lặng im trong phấn khích khi cha của Kojiro kể về những con quỷ độc ác săn người vô tội và những chiến binh đã đánh bại chúng. Cùng luyện tập kiếm thuật, cả hai thề sẽ trở thành người mạnh nhất trên thế giới.
Trong suốt cuộc nội chiến giữa hai miền Nam-Bắc, phe phương Bắc đông hơn đã sử dụng ma thuật đen để biến ra những chiến binh có sức mạnh kinh khủng được gọi là chiến binh thần thánh. Giờ đây, chiến tranh đã kết thúc, những người mang sức mạnh ấy vẫn mang hình dạng quái vật, họ phải cố hoà hợp với xã hội thời bình, nếu không thì họ sẽ bị giết dưới tay thợ săn quái vật.
Câu chuyện của light novel tập trung vào phi đội số 666 vào năm 1983, 18 năm trước các sự kiện trong series light novel Muv-Luv Alternative: Total Eclipse. Cả hai đều là phần phụ truyện của visual novel Muv-Luv Alternative do hãng Age phát hành vào năm 2006.
Yuta Hibiki tỉnh dậy với chứng mất trí nhớ và khả năng nhìn thấy những thứ mà người khác không thể thấy. Lần đầu tiên anh gặp một Gridman trong máy tính của bạn mình Rikka Takarada và nó nói với anh ta để "Nhớ cuộc gọi của mình," nhưng Yuta không hiểu điều này có nghĩa là gì.