Với sự giúp đỡ của văn phòng nợ Zombie Loan, họ đã có được cuộc sống thứ 2, tuy nhiên mạng sống của họ lại được mua bằng tiền nên 2 người đó đã trở thành những thợ săn Zombie, với mục đích kiếm tiền để đổi lấy tự do.
Cốt truyện của Gundam X nói về thời đại sau cuộc chiến tranh giành độc lập của các Colony, khi con người phải cố gắng tồn tại trong một thế giới bị ô nhiễm nặng nề vì hậu quả của cuộc chiến. Thế giới khắp nơi loạn lạc, các nhóm thu gom phế liệu Vulture nổi dậy. Và câu chuyện bắt đầu khi lời đồn về Newtype - những người được cường hóa sóng não trong thời chiến - trở lại, và sự xuất hiện của kẻ hủy diệt năm xưa: Gundam X. Gundam X lấy hệ thời gian là After War, và thời điểm bắt đầu là After War
Câu chuyện diễn ra trong thế giới mà cả khoa học và phép thuật đều rất phát triển, và thành phố Arkham là thủ đô phát triển mạnh về phép thuật. Tuy nhiên nó đang bị đe dọa bởi một tổ chức tội phạm được gọi là Black Lodge. Master Therion - tên phù thủy mạnh nhất là trùm của tổ chức Black lodge. Hắn ta không từ bất cứ thủ đoạn nào để đạt được mục đích của mình.
Shirahama Kenichi là một học sinh học lực trung bình và bị gán cho cái biệt danh "Funuken" vì luôn bị bắt nạt. Một ngày đẹp trời, đi học về cậu gặp Furinji Miu, cô nàng này đã tạo động lực cho Kenichi học võ và cậu quyết định theo học ở võ đường nơi Furinji sống. Ở đây, Kenichi giáp mặt với nhiều cao thủ với những thế mạnh ở các môn võ khác, và những ngày tháng yên bình của Kenichi đã... Liệu Kenichi có thể trở nên mạnh hơn?
Một nhóm học sinh vừa mới trúng tuyển vào Học Viện Quân Sự Trung Ương thì ngay sau đó, một nhóm khủng bố có vũ trang mang tên Hallarax đánh chiếm Aries - Trạm không gian mà họ chuyển tới. Liệu họ sẽ làm gì? Đầu hàng hay chống lại? Sống sót hay là tử vong?