Câu chuyện diễn ra trong thế giới mà cả khoa học và phép thuật đều rất phát triển, và thành phố Arkham là thủ đô phát triển mạnh về phép thuật. Tuy nhiên nó đang bị đe dọa bởi một tổ chức tội phạm được gọi là Black Lodge. Master Therion - tên phù thủy mạnh nhất là trùm của tổ chức Black lodge. Hắn ta không từ bất cứ thủ đoạn nào để đạt được mục đích của mình.
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.
Câu chuyện xảy ra vào thời Edo ở Tokyo vào những năm 1700. Tướng quân đời thứ 8 – Tokugawa Yoshimune đã cho người lập những hòm thư để người dân có thể bày tỏ nỗi lòng của mình. Sau đó ông đã lập nên lực lượng hành pháp Mushibugyou để bảo vệ người dân của mình. Mỗi một thành viên trong tổ chức đều là những người xuất chúng.
Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
Gene Starwind và cộng sự của mình Jim Hawking mở một công ty dịch vụ đủ nghề tại hành tinh Sentinel III. Nhưng mọi việc đã thay đổi kể từ khi họ nhận lời làm vệ sĩ cho Hida.