Hai năm đã trôi qua, kể từ khi Cloud sử dụng năng lượng “Dòng sinh mệnh” để ngăn chặn sự huỷ diệt của Jenova, cả hành tinh tưởng chừng chỉ toàn những màu xanh của cây cối.
Một năm đã trôi qua kể từ sự kiện SSSS.Gridman. Thế giới hòa bình và không ai ngoại trừ Rikka và Utsumi nhớ đến kaiju, Gridman hay Akane Shinjou.
Năm 2027, thành phố New Port vẫn đang hồi phục từ hậu quả của chiến tranh. Một sĩ quan quân đội có dính đến việc ăn hối lộ và buôn bán vũ khí bất hợp pháp bị giết. Trong quá trình điều tra, Daisuke Aramaki của Cục An ninh Quốc gia gặp Motoko Kusanagi, một hacker nửa người nửa máy cao cấp thuộc đơn vị bí mật số 501. Batou, người đàn ông với "con mắt không ngủ", nghi ngờ Kusanagi là kẻ đứng sau vụ đánh bom. Thanh tra cảnh sát Togusa đang theo đuổi cùng lúc 2 vụ án một người bị bắn chết và một cô
Là câu chuyện ngoài lề chuyển thể từ tiểu thuyết cùng tên. Nội dung là một phần của tiều thuyết [gồm phần về Denzel, Tifa và Barret] nói về những chuyện xảy ra trong 2 năm từ FF7 đến FF7 AC. Đâu là câu chuyện về hành trình của Denzel sau khi mất gia đình trong vụ tấn công của Avalanche tại Section 7 đến khi gặp Cloud
Trong một lần tham gia nhiệm vụ, Briareos vì cứu Deunan đã bị trọng thương. Nhiều năm cùng thi hành chung nhiệm vụ, giờ đây Deunan phải hợp tác với thành viên mới Tereus. Điều đặc biệt là khuôn mặt của Tereous lại giống y chang Briareos trước khi anh trở thành người máy.