Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Trò chơi nguy hiểm vẫn tiếp tục sau nhiều biến cố cực kỳ ly kỳ, liệu Ruuko có sử dụng Iona, liệu Ruuko có thể gặp lại Tama, liệu cả 3 người Yuzuki, Hitoe và Ruuko có thể trở lại được như lúc trước
Fuyuki City—a city surrounded by the ocean and the mountains becomes the setting for an age-old ritual. To realize the mythical Holy Grail, which is said to grant any wish from its possessor, seven masters are given seven heroic spirits chosen by the Grail. These heroic spirits or servants are: Saber, Lancer, Archer, Rider, Caster, Assassin, Berserker.
kể về khi Majin thức dậy từ sâu thẳm của bóng tối, các vị thần của số phận đã chọn sáu người anh hùng và truyền lại cho họ sức mạnh để cứu thế giới. Adoretto, một cậu bé người từng nói rằng mình mạnh nhất trên Trái đất, đã được lựa chọn trong số các Rokka không Yuusha (Heroes of the Flowers Sáu), và ông đi đến điểm hẹn – nhưng bảy đã tụ tập ở đó. Các anh hùng nghi ngờ rằng một người nào đó trong số bảy là kẻ thù, và nghi ngờ ban đầu rơi vào Adoretto.
Yuzuka Hanami có một cuộc sống bình thường như bao nhiêu người khác,vẫn sống và học tập ở một trường trung học.Số phận cô bỗng chốc thay đổi kể từ khi cô được tiếp cận với một sinh vật bí ẩn từ đâu xuất hiện trước mặt cô,chính sinh vật này đã tiết lộ cho cô biết thân phận thật sự của mình.