Không lâu sau khi Onizuka rời khỏi học viện Meishuu thì học viện Meishuu đã sát nhập lại với trường cấp 3 phía tây Shounan. 3 tháng sau, để tạo nên 1 luồng gió mới cho những học sinh bướng bỉnh nơi đây, Onizuka 1 lần nữa đã được mời trở lại trường với tư cách là trọ giảng. 1 năm học mới bắt đầu cùng với học sinh mới, thử thách mới. Liệu Onizuka sẽ làm gì để cảm hóa học sinh của mình.
Sau tất cả những gì diễn ra ở phần phim trước, mọi thứ lúc này đây vẫn chìm ngập trong lo âu. Liên Minh Sannou tuyên bố giải thể!? Noboru bị tai nạn bất ngờ, tính mạng không rõ ra sao!? Tập đoàn Iemura / Cửu Long Hội vẫn đang ngày đêm âm mưu thôn tính khu vực S.W.O.R.D.
Hanae Aoishi là nhân viên gương mẫu của một công ty thương mại. Cô chưa bao giờ đi làm muộn hay nghỉ một ngày phép nào. Cô ăn mặc đơn giản và chưa bao giờ hẹn hò dù đã gần 30 tuổi.
Ichigo là một cô bé vô cùng nổi tiếng trên mạng chỉ với sự dễ thương của mình, nhưng câu chuyện này lại không nói về bé mà lại nói về người chị luôn cô đơn của Ichigo.
Trường trung học Amanogawa là nơi xảy ra nhiều chuyện kỳ lạ. Cho đến khi nhận một học sinh mới chuyển đến "Kisaragi Gentarou" thì mọi chuyện dần được sáng tỏ. Gentarou là người luôn hết mình vì bạn bè, mong muốn của cậu là có thể kết bạn với tất cả mọi người, đầu tiên là gặp lại người bạn hồi tiểu học Yuki Jojima sau đó là Kengo Utahoshi con của nhà nghiên cứu