Will, một cậu bé con người được sinh ra với ký ức mơ hồ về kiếp sống trước của mình. Cậu được ba undead nhận nuôi từ khi chỉ mới lọt lòng. Suốt thuở ấu thơ sống tách biệt với thế giới bên ngoài, cậu vô thức nhận ba kẻ dị loài kia trở thành gia đình của mình khi nào chẳng hay. Song tuy hạnh phúc là thế, dường như ba undead vẫn còn dụng ý nào khác?
Bối cảnh diễn ra vào năm 2046. Cậu Haruyuki Arita cảm thấy mình luôn bị xã hội hắt hủi. Tủi thân với thực tại, cậu đi tìm cảm giác hơn người trong thế giới game ảo. Tất cả đã thay đổi khi cậu gặp Kuroyuki Hime, cô gái nổi tiếng nhất của trường. Kuroyuki Hime đã đưa cậu vào Thế giới gia tốc qua một chương trình gọi là Brain Burst.
Kojirou Shindou, một nhân viên ngoại vụ, tình cờ có mặt tại Sân Bay Haneda để chuẩn bị chuyến công tác. Giữa máy bay đang trên đường băng, bỗng chốc một khối kiến trúc đồ sộ xuất hiện từ hư không. Chiếc máy bay mang theo Shindou cùng 251 hành khách lạc vào bên trong khối kiến trúc đó. Tại đây Shindou gặp được một chàng trai trẻ, Yaha-kui zaShunina, và câu truyện bắt đầu.
Câu chuyện kể về hai cô gái Escha và Chron, hai người có tính cách tương phản giống như mặt trời và mặt trăng. Hai cô gái đến từ Terminal, một thế giới hậu khải huyền trong tương lai trống rỗng và đơn sắc. Hai cô gái băng qua thế giới và đến ngày nay, họ gọi là Transit
Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.