Liones Yelistratova một cô công chúa từ một đất nước nhỏ, vào một trường học ở Hokkaido vào mùa xuân. Trường có một tổ chức giáo dục chuyên biệt do ALCA điều hành để đào tạo các nhà Logicalist, những người duy trì hòa bình thế giới. Liones bước vào lớp S, nơi cô gặp nhiều bạn cùng lớp với những tính cách độc đáo, như Nina.
Câu chuyện kể về thành phố Ayanagi, một thành phố gần biển Nhật Bản. Nó là một thành phố của tương lai đã được xây dựng để phục hồi từ thảm họa gây ra bởi "hội chứng thờ ơ" mười năm trước. Học sinh trung học Shin Kanzato cùng với em trai của cậu là Jun, theo lời anh trai Ryo , cảnh sát trưởng thành phố Ayanagi, đã đến Ayanagi . Tại thời điểm đó, một loạt các sự cố kỳ lạ xảy ra tại thành phố Ayanagi như thủy thủ đoàn của một chiếc tàu ngầm đột nhiên biến mất trong tàu ngầm của họ, hoặc một triệu
Makoto Edamura được cho là kẻ lừa đảo vĩ đại nhất Nhật Bản. Cùng với đối tác của mình, Kudo, họ cố gắng lừa một người Pháp ở Asakusa nhưng bất ngờ bị lật kèo. Người Pháp, người mà họ cố gắng lừa đảo, hóa ra là Laurent Thierry – một lão làng, kiểm soát các bằng đảng mafia.
Sau khi kết thúc giải đấu mùa thu, đội bóng chày của trường trung học Seidou chiến đấu với những gương mặt mới và cũ khi họ bắt đầu giải đấu tại Koshien.
Bảy thanh niên bị bắt buộc phải song cùng nhau trong 1 trại cải tạo ở Shio vào năm 1955. Bị tù túng, hành hạ và làm nhục là chuyện xảy ra hằng ngay, họ mong mỏi một tia ánh sang trong bong tối mịt mù và cô lập này. RAINBOW là cậu chuyện kể về họ, về cuộc sống họ phải chịu đựng và cách họ tồn tại, tiến lên phía trước.