Giải đấu bóng đá trẻ toàn thế giới, Football Frontier International Version (FFIV2) được tổ chức, và Inazuma Japan đã được thành lập. Tuy nhiên, các đại diện của Nhật Bản là các cầu thủ tuyển chọn chưa được thấy thi đấu bao giờ, và đây là "đội tuyển sẽ đại diện Nhật Bản" thi đấu với các đội tuyển thế giới!?
hành trình leo lên đỉnh một tòa tháp bí ẩn của nhân vật chính – Bam 25th để tìm lại người bạn thân Rachel của mình. Trong cuộc phiêu lưu nguy hiểm nhưng cũng vô cùng thú vị này, Bam 25th đã gặp gỡ nhiều người bạn mới và đối đầu với không ít đối thủ mạnh mẽ. Trải qua những thử thách không tưởng ở mỗi tầng, bí mật về chính Bam 25th và tòa tháp dần được hé lộ.
Kentarou Tachibana là huấn luyện viên cầu lông tại đội tuyển cầu lông thuộc trường cao trung Kitakomachi. Tuy vậy, anh luôn có một nỗi lo lắng lớn vì đội của mình có quá ít thành viên, đến nỗi không thể đi thi đấu được.
câu chuyện tiếp theo của hai phần trước vô cùng thành công.Phần 3 này sẽ đưa đến thêm những nhân vật hoàn toàn mới với câu chuyện vẫn xoay quanh Makoto Naegi và bạn bè của mình.Kyoko Kirigiri, Yasuhiro Hagakure và Aoi Asahina và những người bạn mới sẽ phải trải qua những khó khăn và thử thách nào trong phần 3 đầy gay cấn này?
câu chuyện về Takt, một nhạc trưởng, đã hợp tác với một Musicart tên Unmei. Cậu mong muốn âm nhạc được quay trở lại thế giới, còn Unmei mong muốn phá hủy D2. Vì thế cả hai đã cùng đồng hành để có thể thực hiện mục tiêu của mỗi người.