Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
ói về một sự mất tích bí ẩn đang xảy ra sau khi một khác trong Tatsumi Town. Kiriya có một tầm nhìn từ một cô gái xinh đẹp bí ẩn với đôi tai nhọn. Một cuốn sách nói cho một thế giới khác được tìm thấy. Và Mao tìm kiếm người bạn bị mất từ lâu của mình, Zero, đến với thế giới của chúng tôi.
Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt. Đối với các quốc gia, sự tồn tại của con người này chính là những vũ khí mạnh mẽ.
Sự ra đời của công chúa và hoàng tử song sinh là báo hiệu cho sự diệt vong của vương quốc sẽ đến khi công chúa tròn 16 tuổi. 15 tuổi, để tránh định mệnh phải chết Pacifica phải trốn chạy sự truy đuổi của nhiều lực lượng khác nhau dưới sự bảo vệ của anh trai và chị gái nuôi. Liệu Pacifica có phải sử dụng sức mạnh thật sự của mình?
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.