Kỷ nguyên Holy Genesis . Năm 0011. Sau thảm họa Great Catatrophe dân số nhân loại đã mất đi 2/3. Lúc này chủng tộc Shadown Angel đã tỉnh giấc sau giấc ngủ dài 12000 năm và tấn công con ngườiĐể chống lại nó con người đã sử dụng sức mạnh của Mechanical Angel AquarionQuyết định số phận của thế giới giờ nằm trong tay của
Nhân vật chính Kiba là Zed, 1 cậu bé 15 tuổi sống tại nơi được gọi là "Calm". Cậu ấy cảm nhận được có nơi khác phù hợp với cậu hơn. Và vào 1 ngày nọ, cậu được 1 làn gió bí ẩn đưa vào thế giới khác, nơi mà các pháp sư gọi là "Ngọc Sư" triệu hồi các Tinh Linh để chiến đấu.
Truyện kể về nhân vật Tsukumo Yuma là thần bài trong tương lai, kế thừa sự nghiệp của 3 đàn anh đi trước như Muto Yugi; Yuki Judai; Fudo Yusei. Yuma là 1 cậu bé vụng về, hậu đậu nhưng có 1 ý chí khiến mọi fan xem yu-gi đêề khăm phục đó là luôn muốn “Chinh phục được bầu trời cao”. Trước sự thử thách vô cùng lớn đó Yuma cùng với 1 người bạn của anh là Astral ( Người có liên quan đến những lá bài Numbers) sẽ có đi đến được chân trời xanh không?
Mitsuo là một trong những người được chú Người dơi chọn để trở thành siêu nhân. Chú Người dơi đã đưa cho cậu một chiếc mặt nạ giúp cậu tăng sức mạnh lên 6600 lần, một chiếc khăn choàng để giúp người sử dụng có thể bay với vận tốc tối đa 119 km/h (và có thể tăng lên nhiều lần nếu bay nối đuôi với những siêu nhân khác), một bộ đàm liên lạc đồng thời là một bình dưỡng khí và một con rôbôt sao chép để thay mặt cậu mỗi khi làm nhiệm vụ siêu nhân. Tuy nhiên, nếu làm lộ bí mật, Mitsuo sẽ bị biến thành
Haruyoshi, người được mệnh danh là một Âm Dương sư mạnh nhất trên thế giới. Sau đó, anh bị bạn bè của mình phản bội và bên bờ vực của cái chết, anh mong muốn được hạnh phúc trong cuộc đời tiếp theo của mình. Ngay lúc đó, anh đã thử một câu thần chú tái sinh bí mật.