Đặt trong bối cảnh tương lai xa trên một hành tinh rất xa Trái Đất. Kato Marika là một học sinh thích lái phi thuyền sống cùng mẹ và không biết gì về bố mình. Một ngày nọ cô bé được hai người thông báo về cái chết của bố và sứ mệnh thay thế bố làm hải tặc không gian trên con tàu của ông.
Cốt truyện xoay quanh cậu bé tên Ueki được trao cho sức mạnh siêu nhiên để tham gia vào các trận thi đấu để trở thành vị thần kế vị trên thiên đàng, cậu bé đã dần dần tập họp được một nhóm khi tham gia cuộc thi và họ đã cùng nhau chiến đấu vì lý tưởng của mình.
Những ai sở hữu được Shinrabanshou sẽ là Vua của Nabari, là người sẽ lập nên luật lệ mới cho Nabari. Cũng vì lẽ đó, cậu bé Rokujo Miharu rơi vào cảnh bị săn đuổi. Có người muốn lợi dụng Shinrabanshou trong người cậu, có người lại muốn bảo vệ cậu khỏi những kẻ săn đuổi và cả chính tri thức nguy hiểm đó. Đến với Nabari no Ou, bạn sẽ cảm nhận thế giới của ninja được ẩn sau sự tĩnh lặng của thế giới bình thường.
Câu chuyện bắt đầu khi một nữ sinh trung cấp tên Yume nhìn thấy một thứ gì đó từ trên trời rơi xuống và rồi gặp một chú mèo màu tím mộng mơ tên là Mew. Hóa ra Mew có sức mạnh của “Yume Synchro”, một sức mạnh để đi vào giấc mơ. Trong thế giới giấc mơ, cô ấy cùng với Mew thu thập Mộng Thạch.
900 năm sau sự kiện “Ngày tận thế”, con người và vampire vẫn ở trên 2 chiến tuyến, mỗi bên hùng cứ một phương nhưng vẫn chưa đạt được một hiệp ước về hòa bình nào. Cùng lúc một thế lực thứ 3 đang ngấm ngầm trỗi dậy, hòng đẩy 2 phe kia phát động chiến tranh để nghiễm nhiên làm “ngư ông đắc lợi” rồi chiếm cứ Trái Đất. Trước tình trạng đó, Abel Nightroad, một linh mục thuộc Vatican-đầu não của loài người quyết định đứng lên, cùng các đồng đội ngăn chặn viễn cảnh đen tối đó. Điều thú vị là Abel