Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS". "7SEEDS" được thành lập nhằm lưu giữ và duy trì con người phòng trường hợp cả nhân loại bị tuyệt diệt sau cú va chạm giữa thiên thạch và Trái Đất
Câu chuyện này diễn ra khoảng một trăm năm trước. Nadja là một cô gái vui vẻ, tươi sáng, được nuôi dưỡng trong một trại trẻ mồ côi gần London, Anh. Nadja được giao cho trại trẻ mồ côi khi cô còn nhỏ.
Nhóm Takuya đanh trên chuyến hành trình của mình thì bị lạc đến Đảo Lang Thang. Khi Takuya, Tomoki, Junpei,, Bokomon và Neamon tỉnh lại thì gặp được Kotemon. Ngay lúc đó, các Digimon tộc thú được lãnh đạo bởi Hippogriffomon đến tấn công tộc người do Darrcmon lãnh đạo.
Fate Graphite, người đàn ông có sức mạnh và món quà sức mạnh. Nhưng điểm nổi bật của câu chuyện là việc anh ta bị nguyền rủa bởi sức mạnh của Ác thực. Nhưng biết được trách nhiệm của thế lực này, mc bị lâm vào tình thế ngặt nghèo.
Kỷ nguyên Holy Genesis . Năm 0011. Sau thảm họa Great Catatrophe dân số nhân loại đã mất đi 2/3. Lúc này chủng tộc Shadown Angel đã tỉnh giấc sau giấc ngủ dài 12000 năm và tấn công con ngườiĐể chống lại nó con người đã sử dụng sức mạnh của Mechanical Angel AquarionQuyết định số phận của thế giới giờ nằm trong tay của