Sau khi Wataru giải phóng toàn bộ 7 tầng núi thì cuộc sống đã trở lại yên bình. Nào ngờ thế lực hắc ám lại tiếp tục quay tay khiến cuộc sống bị đảo lộn. Một lần nữa, Wataru lại phải lên đường để chống lại thế lực hắc ám.
Câu chuyện kể về một cô gái tình cờ gặp một chàng trai với một mớ nhạc cụ khác thường. Cuộc gặp gỡ tình cờ này chính là giữa một nữ ca sĩ đầy hi vọng và một người chơi shamisen – loại nhạc cụ 3 dây truyền thống của Nhật Bản. Hai số phận đã được gắn kết lại với nhau bằng âm nhạc.
Sự kiện bắt đầu bằng việc 7 đứa trẻ đi chơi núi nhưng đột nhiên họ bị hút vào 1 thế giới khác . Ở đó họ trở thành “những đứa trẻ của định mệnh” và mỗi nguời đều có 1 con thú Digimon bên mình và cả bọn phải chống lại thế lực tà ác do các Digimon xấu gây nên
Nó, là một vật thể bất tử, được gửi đến Trái Đất, Nó không mang cảm xúc, cũng không có danh tính. Tuy nhiên, Nó có thể nhập vào bất cứ sinh vật nào có năng lượng. Lúc đầu, Nó là một khối cầu tròn. Sau đó, Nó bắt đầu mô phỏng hình dáng của đá.
CLB Robot của trường Chuuoutanegashima đang đứng trước nguy cơ giải tán. CLB chỉ có 2 thành viên là Kaito Yashio, 1 nam sinh chỉ chăm chỉ chơi game đối kháng robot, và ko quan tâm đến CLB. 1 nữ sinh ăn hại, táo bạo có tên Akiho Senomiya, muốn hoàn thành chế tạo 1 con robot. 1 ngày kia Kaito phát hiện ra 1 bản báo cáo viết về A.R, trong này còn có 1 bản cáo trạng về âm mưu của người có tên Kou Kimishima.