Ngay sau Thế vận hội Tokyo năm 2020, một trận động đất lớn xảy ra tại Nhật Bản. Giữa sự hỗn loạn, anh chị em Ayumu và Gou của gia đình Mutou, bắt đầu trốn khỏi thành phố cùng với gia đình bốn người của họ. Tuy nhiên, quần đảo Nhật Bản đang chìm dần không ngừng theo đuổi gia đình.
Kazami Hayato, 14 tuổi - Là tay đua Cyber Formula trẻ nhất thi đấu tại một giải Grand Prix mà mỗi chiếc xe đều được trang bị AI hỗ trợ. Với sự trợ giúp của Asurada - chiếc xe tân tiến nhất của đội Sugo, Hayato đã gặt hái được nhiều thành công.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Trong tương lai không xa, một thể tồn tại bất tử, vô giới tính mới tên là Gem, bắt đầu sinh ra trên Trái Đất. 28 Gem phải chiến đấu với Moon Dweller (Những người sống trên mặt trăng), những kẻ địch thường bắt cóc họ và biến nhwungx Gem thành đồ trang sức.
Vị vua nửa xứ Uruk, Gilgamesh, được coi là một huyền thoại huyền thoại ... cho đến khi ngôi mộ hùng vĩ của ông được phát hiện ở Trung Đông. Mật mã hoàng gia này đã thu hút các nhà khoa học từ khắp nơi trên thế giới đến vùng đất, và với điều đó đã được công nhận danh tiếng của họ. Trong một nỗ lực chung, họ đã xây dựng Cổng Trời để theo đuổi sự tiến bộ của kiến thức con người.