Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu
Alice Sakaguchi từng mơ thấy mình là một người khác sống trên mặt trăng. Giấc mơ quá lạ và thật đến nỗi Alice không thể ngừng nghĩ về nó. Cô ấy phát hiện ra rằng một số bạn cùng lớp của cô ấy cũng đang có cùng một giấc mơ.
Momo một nữ sinh cao trung tại thành phố Sorasaki. Nhưng đấy chỉ là vỏ bọc của cô thôi. Đằng sau thân phận học sinh, Momo chính là một điệp viên của cục tình báo Tsukikage - nơi bảo vệ thành phố và người dân. Dưới sự dẫn dắt của cấp trên Yuki và những người bạn của mình, họ cùng nhau duy trì trật tự hòa bình của thành phố này. Câu chuyện sẽ theo chân cuộc hành trình của 6 cô gái dũng cảm.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở Nhật Bản vào năm 2020. Câu chuyện xoay quanh Shin Hazama, và một phiên bản của chính anh ta đã sống một cuộc sống khác ở một Nhật Bản khác xuất hiện. Một vết nứt mở ra trong cuộc sống hàng ngày mà anh nghĩ rằng không thể thay đổi.
Câu chuyện xảy ra trong tương lai xa. Đất đai bị hủy hoại, và nhân loại thành lập thành phố pháo đài di động tên Plantation. Các phi công sản xuất trong Plantation sống ở Mistilteinn, cũng được biết đến như "chimcage". Trẻ em sống ở đó không biết gì về thế giới bên ngoài và sự tự do của bầu trời