Câu chuyện xoay quanh cậu học sinh trung học Michio Kaga. Lang thang không mục đích trong cuộc sống cũng như trên internet, cậu vô tình được đưa từ một trang web mờ ám đến một thế giới tưởng tượng - tái sinh thành một người đàn ông mạnh mẽ có thể sử dụng sức mạnh "ăn gian".
Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Tiến sĩ Saotome trở về từ cõi chết sau khi bị giết bởi phi công Gare Nagare Ryoma và đe dọa thế giới với sự sáng tạo tối thượng của ông: Shin Dragon. Ryoma miễn cưỡng hợp tác với cựu đồng nghiệp của mình là Jin Hayato và Tomoe Mushashi để chống lại Dr. Saotome.
Vào năm 2045, sau một thảm họa kinh tế được gọi là Mặc định toàn cầu được đồng bộ hóa, sự phát triển nhanh chóng trong AI đã thúc đẩy thế giới bước vào trạng thái của Cuộc chiến bền vững. Tuy nhiên, công chúng không nhận thức được mối đe dọa mà AI có đối với loài người.
Sử dụng Pokémon Ngân hàng, bạn sẽ có thể chuyển Pokémon bạn đã bắt gặp trong Nintendo 3DS phiên bản Virtual Console của Pokémon Red, Pokémon Blue, và Pokémon Yellow thành bản sao của Pokémon Sun hay Pokémon Moon. Pokémon Pokémon Omega Ruby, Pokémon Alpha Sapphire, Pokémon X và Pokémon Y cũng có thể được đưa vào Pokémon Sun và Pokémon Mặt trăng trong cùng một cách.