Năm 2040, tình trạng ô nhiễm liên tục và hàng loạt trận động đất bí ẩn đã khiến thành phố Tokyo bị hủy hoại. Một thanh niên tên Ken Ando đang được đào tạo để trở thành thành viên của DC, một tổ chức bán quân sự được thiết kế để điều tra và bảo vệ môi trường sụp đổ.
Alice Sakaguchi từng mơ thấy mình là một người khác sống trên mặt trăng. Giấc mơ quá lạ và thật đến nỗi Alice không thể ngừng nghĩ về nó. Cô ấy phát hiện ra rằng một số bạn cùng lớp của cô ấy cũng đang có cùng một giấc mơ.
Tenma, Alone và Sasha là 3 người bạn thân thiết từ thuở ấu thơ. Số phận chia cắt 3 họ ở những độ tuổi khác nhau và cũng chính số phận cho họ hội tụ lại, nhưng giờ không phải dưới danh nghĩ 3 người bạn thời thuơ ấu nữa mà là Thánh Đấu sĩ cung Thiên Mã - Tema, Minh Vương Hades - Alone và Nữ Thần Athena - Shasa.
Giai thoại bi tráng về những Nữ hạm ngày đêm chiến đấu nơi tiền tuyến với kẻ thù bí ẩn từ biển sâu để bảo vệ hòa bình nhân loại.
Từ lâu, các quốc gia mang tên “Kantou” và “Kansei” đã có một cuộc chiến chia rẽ thế giới. Nhưng vào cuối cuộc chiến, Kansei trở thành chư hầu của Kantō. Tuy nhiên, lực lượng chính phủ và cảnh sát của Kansei đã từ chối và tội phạm trở nên tràn lan. Những tên tội phạm đó được gọi là “Akudama”.