Taichi Nishimura và cô bạn Rin Azuma, cả hai người họ đột nhiên bị dịch chuyển sang một thế giới giả tưởng. Trong thế giới của mình, Taichi chỉ là một cậu học sinh bình thường và có phản xạ khá tốt. Ở thế giới mới này, cả Taichi và Rin đều có năng lực pháp thuật và thể lực ở cấp độ cao. Thế là họ trở thành pháp sư và bắt đầu cuộc sống mới.
Vào thời Edo, Rin, con gái của một đường chủ võ đường đã bắt đầu cuộc hành trình báo thù cho cha mẹ mình. Trên chặng đường, Rin đã tìm đến một người được mệnh danh là Bách Nhân Trảm (Giết trăm người) có tên là Manji để cầu xin sự giúp đỡ của anh. Và từ đó cuộc hành trình báo thù của Rin và Manji, người đàn ông bước đi trong dòng đời bất tận bắt đầu từ đây
Percival sống cùng người ông tại một hòn đảo xa xôi lở lửng trên không trung được gọi là "Ngón tay của thần". Tuy nhiên vào sinh nhật lần thứ 16, một biến cố đã diễn ra. Và cậu ấy đã chuẩn bị để bắt đầu cuộc hành trình mới dài đằng đẵng.
Câu chuyện xoay quanh những con người ở Thái Vân quốc, vẽ nên bức tranh tuy chân thực nhưng cũng đầy chất thơ về một thời đại cổ xưa. Ở nơi đó, vị Hoàng đế 19 tuổi đăng cơ sau khi cuộc chiến ròng rã tranh đoạt ngai vàng của Hoàng thất vừa kết thúc. Gánh trách nhiệm giang sơn trên vai, Hoàng đế Shi Ryuuki lại chỉ một lòng muốn đem ngôi vị nhường lại cho người Hoàng huynh lưu lạc đã lâu, từ đó sinh ra chểnh mảng việc nước, khiến cho bá quan đều cảm thấy bất phục.
Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).