Trò chơi nguy hiểm vẫn tiếp tục sau nhiều biến cố cực kỳ ly kỳ, liệu Ruuko có sử dụng Iona, liệu Ruuko có thể gặp lại Tama, liệu cả 3 người Yuzuki, Hitoe và Ruuko có thể trở lại được như lúc trước
Vui vẻ,hạnh phúc,đau khổ,đó là những cảm xúc vốn có của mỗi con người.Nó có thể khiến con người ta lạc lối cũng có thể giúp cho ta trưởng thành. Nhưng muốn trưởng thành được ta phải chiến đấu với nó. Câu chuyện của chúng ta cũng xoay quanh các cô gái với nhiều cảm xúc khác nhau và những cảm xúc đó đã biến thành 1 con người khác của họ tại 1 thế giới khác và đang ngày đêm chiến đấu cho đến chết
Nối tiếp Ss1, lần này Illya và Miyu có nhiệm vụ phải bình thường hóa "Sự rung động của Trái đất". Nhưng mệt mỏi thay khi xuất hiện trước mắt hai người lại là một Illya khác!?
Hadzuki, một nữ sinh trung học. Cô sống chung với bạn cùng lớp và cũng là người cô phải lòng - Hatsumi. Bi kịch xảy ra vào ngày sinh nhật thứ 16 của Hatsumi, khi cô biến mất trong một vầng sáng xanh trước mắt Hatsuki( khi em này đang chuẩn bị lấy đi sự trong trắng của Hatsumi). Hadzuki đã lên đường tìm kiếm người yêu với sự giúp đỡ của một cô phù thủy loli... còn tiếp theo thì đợi download đã.
Hyuuga Saki và Mishou Mai đã gặp nhau ở khu rừng sau khi họ đuổi theo những ánh sáng kỳ lạ. 5 năm sau họ đã đoàn tựu dưới Sky Tree, nơi họ gặp Flappy và Choppy, hai tinh linh của Land of Fountains; họ bị truy đuổi bởi Akudaikaan, kẻ cai trị Dark Fall, kẻ đang chiếm lấy những đài phun nước đang duy trì sự sống củag World Tree. They give Saki và Mai đã biến hình thành Pretty Cure, để họ có thể chiến đấu với những thuộc hạ của Akudaikaan và phục hồi những suối nguồn.