Một sát thủ Đài Loan trẻ có tên mã là Glass Heart tự tử bằng cách nhảy ra khỏi một tòa nhà, và trái tim của cô đã bị xuyên thủng bởi hàng rào bằng kim loại. Thật kỳ diệu, cuộc sống của cô đã được cứu bởi cấy ghép tim.
Thời là thời đại Mạc Phủ. Nơi là Kinh Đô (Kyoto). Một câu chuyện xoay quanh cuộc đời và sự nghiệp chiến đấu của các thành viên trực thuộc Tân Đảng-Tân Tuyển Đảng (Shinsengumi). Với chữ “Thành” thêu trên cờ xí, những kiếm sỹ Tân Đảng coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, mục tiêu của họ chính là bảo vệ trị an của một thời đại sắp sửa lụi tàn nhường bước cho Minh Trị thời đại. Một Okita Souji- đội trưởng đội 1, dũng mãnh nhất trong các đội trưởng dù thân mang căn bệnh lao phổi, một Hajime Satou- đội
Nằm phía bên dưới thủ đô Toyko, có tồn tại một thế giới vô cùng rộng lớn và chưa ai từng biết, được gọi là Thế Giới Ngầm. Ở đó mọi người đều sở hữu một sức mạnh điều khiển nguyên tố, là những người có khả năng kiểm soát được các nguyên tố : Lửa, nước, sét, từ tính, băng v.v.
Giải Gunpla Force Battle là một sự kiện lớn được tổ chức tại GBN hằng năm. Tham dự chung kết là Avalon, được lái bởi nhà vô địch Kyoya Kujo, và Sư Đoàn 7 dẫn đầu bởi Rommel xảo quyệt. Bắt đầu bới Gundam của Kyoya, AGE II Magnum, hãy xem ai là thế lực mạnh nhất trong Gunpla lần này!
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên