Vào năm 1274, một vị vua đáng sợ cùng với một đạo quân ngoại quốc đang tiến tới từ phía bên kia của biển. Sự kiện lớn Gekkou (Đây là sự kiện về cuộc chiến chống quân xâm lược Mông Cổ hung hãn của Nhật Bản) đã làm chấn động toàn Nhật Bản thời Trung Cổ.
Endou Mamoru là thủ môn trường Raimon. Endou phải đi chiêu mộ thành viên và nếu không muốn câu lạc bộ xảy ra chuyện thì xem sẽ rõ. Nhờ vào sự nhiệt tình của Endou Mamoru, CLB bóng đá trường trung học Raimon đã không bị giải tán và dần trở nên tốt đẹp hơn. Đội bóng trường Raimon đã đánh bại nhiều đội bóng mạnh và hướng tới trận chung kết.
Câu chuyện kể về Oota Shou - một cậu bé có ước mơ được chơi trên sân Nou Camp của Barcelona để khẳng định chính mình. Ước mơ còn chưa thành thì đội bóng của cậu đã bị giải tán do không đủ cầu thủ (cả đội chỉ còn có mỗi cậu ta). Nhưng sau khi gặp 1 tuyển thủ bóng đá, cậu quyết chí đưa đội bóng của mình trở lại và vươn tới đỉnh cao.
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
JD (Junk Dog) tham gia vào những trận đấu boxing được dựng sẵn trong một sàn đấu để kiếm sống. Nhưng hôm nay, anh tham gia và vòng đấu đó một lần nữa, nhưng giờ anh gặp một người đặc biệt. JD muốn chấp nhận thách thức mà sẽ khiến anh mất mọi thứ.