Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Vào lần sinh nhật thứ 16, Tomokazu Mikuri đã mơ một giấc mơ kì lạ. Trong giấc mơ đó anh gặp 1 cô gái tên là Mone (Em ý chỉ biết nói có mỗi “Mone, mone”, nên mọi ng` gọi nhỏ là Mone luôn! Trông nhỏ khá là moe !) đang chiến đấu với một vật thể kì quái. Và ngạc nhiên hơn là lúc tỉnh dậy, cô gái đó lại đang nằm bên cạnh anh
Shunichi là một tài năng về thể thao, tuy chỉ mới học lớp 5 nhưng cậu luôn nhận được rất nhiều lời mời gọi để thi đấu giúp các đội tuyển thể thao trong trường học của mình. Một hôm cậu buộc phải đấu Yoyo để chống lại kẻ bắt nạt và giúp bạn của cậu lấy lại Yoyo , trận đấu quyết liệt vàShunichi đã thắng. Nhưng sau đó cậu gặp Seito Hojoin một tài năng YoYo người đã dạy cho cậu ta biết thế nào mới thực sự là YoYo, tức giận và quyết tâm trả thù cậu bắt đầu luyện YoYo.
Babylon là câu chuyện hồi hộp kịch tính xoay quanh Zen Seizaki, một công tố viên với Văn phòng Công tố viên quận Tokyo. Trong khi điều tra các hành vi bất hợp pháp của một công ty dược phẩm nọ, Seizaki tình cờ khám phá ra một âm mưu trong cuộc bầu cử cho một “khu vực tự trị mới” được thành lập ở tây Tokyo.
Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm.