Câu chuyện xoay quanh Lloyd, một nhà thám hiểm mới vào nghề với ước mơ khám phá ra sức mạnh thực sự của mình mà cậu từng mơ ước, mặc dù lớn lên cùng những lời châm chọc của hàng xóm luôn coi mình là kẻ yếu kém.
Thời Đại Thần Thánh đã đến hồi kết thúc. Sự bất tử cũng sẽ không còn.Cõi Thiên Đàng rung chuyển khi đội quân của Falis, Thần Ánh Sáng...... Chạm trán với quân của Falaris, Thần Bóng Tối.Trong trận chiến không ngừng nghỉ sau đó,Trái Đất bật khóc...Biển cả sôi sục...Cuối cùng, chỉ có hai người sống sót của mỗi bên
Yu-Gi-Oh! là câu chuyện kể về Yugi Muto, một học sinh trường Domino. Tính tình nhút nhát, hiền lành. Cậu là cháu nội của Surodoku Muto. Trước đây, ông cậu vốn là một kiện tướng chơi trò chơi cực kì xuất sắc. Từ nhỏ, ông cậu đã dạy cậu chơi các trò chơi, và ông còn cho cậu một bộ xếp hình. Trong khoảng gần bảy năm, cậu đã tìm tòi và đã lắp ráp được thành Trò chơi ngàn năm(Millennium Puzzle).
Nhân vật chính là hoàng tử Chu Nguyên, nguyên bản có được Thánh Long chi mệnh, lại bị địch quốc Võ Vương lấy ức vạn Đại Chu con dân làm uy hiếp, mãng tước nuốt rồng, cướp đi nó Thánh Long khí vận.
Trong trận chiến cuối cùng giữa Thánh thạch( Rave) và Quỷ thạch( Darkbring), do quá tự tin vào sức mạnh đã làm Quỹ thạch cuối cùng chạy thoát và gây ra vụ nổ khiến 1/10 thế giới bị xóa sổ trong chớp mắt.