Đây là ss2 của Darker than Black. In the sequel, Hei and Yin are now on the run after betraying the Syndicate in the previous season. After leaving Japan, Hei encounters Suou Pavlichenko, a 13-year-old Eurasian girl who becomes embroiled in the war and politics of the various factions and Contractors vying for power.
Series tiểu thuyết lịch sử theo bước chân của Heizō Hasegawa - người mang theo công lý để trừng phạt bọn tội phạm, và thẳng tay trửng trị bọn phá hoại và kẻ cướp trong thời đại Edo của Nhật Bản. Maruyama nói rằng bộ anime sẽ không theo y như cốt truyện nguyên tác trong tiểu thuyết mà còn chèn thêm những yếu tố độc đáo của anime.
Câu chuyện bắt đầu khi cô bé Satsuki tìm được cuốn sách của người mẹ đã mất, ghi chép về cách xua đuổi những bóng ma. Cũng kể từ đó mà những hồn ma luôn làm phiền, ám hại cuộc sống xung quanh cô
Cùng với Madara, một Ayakashi hùng mạnh dưới hình dạng một chú mèo mập, Natsume lại trải qua những ngày tháng đầy rắc rối của mình. Nhưng mỗi một yêu quái cậu gặp là mỗi một cảnh đời, mỗi một niềm vui nỗi buồn khác nhau. Giúp đỡ hay phản bội, chia ly hay hội ngộ, tất cả đều trải qua rất nhanh khiến Natsume càng cảm thấy sợ sự cô đơn, nhưng Madara đã nói “Cuộc sống của con người ngắn ngủi đến đáng sợ, nhưng ta sẽ cùng cậu trải qua sự ngắn ngủi ấy”
Vào một mùa đông, khi còn đang học năm thứ 2 ở trường cấp 3, Yuuichi phải nằm viện vì bị viêm gan. Cậu ta suốt ngày bị chị y tá phạt vì tội hay trốn viện ra ngoài. Một ngày kia, cậu vô tình gặp Rika, một cô bạn bằng tuổi ở khu nhà bên cạnh. Cô bé ấy rất xinh xắn và đã hút hồn của Yuuichi ngay tức thì, nhưng đó lại là một cô bé rất ích kỉ. Dù cho có bị Rika sai khiến thế nào đi nữa thì Yuuichi vẫn gắn bó với cô bé ấy. Và rồi khi mà Rika kể cho cậu nghe về bệnh tình của mình thì cậu hiểu ra