Cậu bé Jim Hawkins đã tình cờ tham gia vào một chuyến hành trình tìm kiếm kho báu huyền thoại của một tên cướp biển khét tiếng, Thuyền Trưởng Flint. Trên hành trình đến Đảo Kho Báu, sự thật về John Silver, người bạn thân nhất của Jim dần được sáng tỏ. Jim phải đối mặt và buộc phải vượt qua những xúc cảm hỗn độn của bản thân cậu.
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Câu chuyện của anime diễn ra tại một thị trấn nông thôn bí ẩn, nơi xảy ra những sự kiện kỳ lạ. Shizuru Chikura, một cô gái trẻ, đang tìm kiếm người bạn mất tích của mình.
Câu chuyện kể về Joey Jones, 1 cậu bé sống ở dọc bờ viễn tây nước Mỹ. Vào 1 ngày nọ cậu vô tình nhặt được 1 con robot đồ chơi của 1 người bạn cùng trường đã bị hỏng và bị vất vào thùng rác. Do đây là con robot mà cậu hằng mong muốn nên cậu đã nhặt nó về sửa chữa, và rồi 1 sự cố đã giúp con robot đồ chơi của cậu biến thành 1 con robot thực sự.
Những hang động khổng lồ, được gọi là Thung lũng, là nơi duy nhất chưa được khám phá trên thế giới. Không ai biết khi đi sâu xuống qua các hố khổng lồ nơi có những sinh vật kỳ lạ và kỳ diệu và đầy những di tích cổ kính bí ẩn mà người ta không biết đến ở thời hiện đại này.