Kentarou Tachibana là huấn luyện viên cầu lông tại đội tuyển cầu lông thuộc trường cao trung Kitakomachi. Tuy vậy, anh luôn có một nỗi lo lắng lớn vì đội của mình có quá ít thành viên, đến nỗi không thể đi thi đấu được.
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
Năm 60 trong thế kỷ tương lai, hầu hết loài người đã bỏ lại trái đất bị ô nhiễm và tiến vào không gian để sinh sống. Để ngăn chặn chiến tranh, các colony đã thống nhất đồng ý tổ chức Đấu Trường Gundam để bầu ra colony đại diện cầm quyền những colony còn lại trong bốn năm tại một thời điểm.
Sau 3 tháng kể từ khi Yokohama rơi vào tình trạng hỗn loạn, quán cà phê cũng đã trở lại bình thường. Nice thì bị Art bắn, và nhóm 2 người do Hajime và Murasaki lập nên, lại tiếp tục công việc trinh thám.
Mong có được kỹ năng cần thiết để vượt qua người cha hùng mạnh, Baki đến Nhà tù bang Arizona và giao đấu với tên tù nhân khét tiếng mang danh "Phá Xích".