Câu chuyện xoay quanh Maria, nữ pháp sư quyền lực nhất tại thời điểm đang xảy ra “Cuộc chiến xuyên thế kỉ” giữa Anh và Pháp. Coi thường chiến tranh, nên cô đã quyết định dùng ma thuật tối thượng của mình để… phá đám. Sự can thiệp của Maria cùng với 2 tùy tùng của cô (Succubus Artemis và Incubus Priapos) làm cho Thiên Đàng để ý.
2 năm đã trôi qua trên trên hòn đảo Hatsune yên bình. 1 buổi chiều tối, 1 cô gái bí ẩn xuất hiện và ngã gục trước mặt Asakura Junichi, cô đang tìm kiếm bà Sakura, người đã khuất. Vì cô ko còn nơi để đi, nên Junichi quyết định giữ cô ở lại.
Fuyuki City—a city surrounded by the ocean and the mountains becomes the setting for an age-old ritual. To realize the mythical Holy Grail, which is said to grant any wish from its possessor, seven masters are given seven heroic spirits chosen by the Grail. These heroic spirits or servants are: Saber, Lancer, Archer, Rider, Caster, Assassin, Berserker.
Sakura Kinomoto là một cô bé 10 tuổi học lớp 4, sống cùng bố và anh trai tại thị trấn Tomoeda. Một lần, cô bé vô tình mở một quyển sách trên giá dưới tầng hầm, cô đọc tên lá bài mình nhìn thấy là The Windy. Và hậu quả là tất cả thẻ bài nằm trong cuốn sách bay tứ tán khắp nơi, chỉ con sót lại duy nhất thẻ The Windy
Nối tiếp Ss1, lần này Illya và Miyu có nhiệm vụ phải bình thường hóa "Sự rung động của Trái đất". Nhưng mệt mỏi thay khi xuất hiện trước mắt hai người lại là một Illya khác!?