Câu chuyện diễn ra trong một thế giới mà nơi các nàng tiên sở hữu và trú ngụ trong các loài động vật, mang đến cho chúng những khả năng bí ẩn. Bằng cách loại bỏ nội tạng của con vật bị chiếm hữu và cấy chúng vào người, các nàng tiên có thể được triệu tập như một bản ngã đã thay đổi và được sử dụng làm vũ khí. Những nàng tiên trở thành công cụ của chiến tranh được gọi là "Chiến binh cổ tích.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Tại thị trấn Goldcrown, ở một nơi chắc là giáp với miền Đông nước Pháp, miền Tây nước Đức, có một chú vịt con nhờ một phép màu mà trở thành một nàng công chúa. Nàng công chúa đang trong hành trình đi kiếm những mảnh trái tim thất lạc cho hoàng tử... Liệu cuối cùng nàng vịt con sẽ có kết thúc có hậu? Nhận được tình yêu của vị hoàng tử đó không?
Một ngày nọ, 2 cánh cổng của thế giới tiên và thế giới quỷ mở ra kết nói với thế giới loài người; từ đó tiên, quỷ và người sống hòa hợp trong cùng một thế giới. Tsuchimi Rin một học sinh cấp 3 bình thường, đang sống những ngày tháng yên bình với cô bạn thuở nhỏ Kaede. Nhưng một ngày kia, một biến cố lớn bất ngờ xảy đến với cậu.
Đây có lẽ là cuối cùng của Da Capo, và nếu không, điều này chắc chắn là những câu chuyện cuối cùng về Hatsunejima và không bao giờ héo cây Sakura của nó. Rất nhiều điều được giải thích ở đây và nó cũng cho thấy một số lịch sử