Tiếp theo SS 1, câu chuyện xoay quanh cuộc đời của Tomoya và Nagisa sau khi 2 người tốt nghiệp THPT. Từ lúc Tomoya bày tỏ tình cảm của mình với Nagisa, 2 người càng lúc càng gắn bó khăng khít hơn với nhau (Có kết hôn, có "make love", có baby ). NHƯNG có một sự kiện bất ngờ đã xảy đến với họ, khiến cuộc đời 2 người thay đổi vĩnh viễn
Thất đại ác nhân”, một nhóm chiến binh có tham vọng lật đổ vương quốc Britannia, được cho là đã bị tiêu diệt bởi các “hiệp sĩ thánh chiến” mặc dù vẫn còn 1 số người cho rằng họ vẫn còn sống. 10 năm sau, Các hiệp sĩ thánh chiến đã làm 1 cuộc đảo chính và khống chế đức vua, họ trở thành người cai trị độc tài mới của vương quốc.
Bem, bela và Belo là những yêu quái hình người xấu xí, những người đấu tranh cho công lý. Họ sống giữa loài người và bảo vệ họ khỏi yêu quái. Cả ba thấy mình bị tẩy chay từ cả con người và yêu quái khác, nhưng cả ba tiếp tục chiến đấu với hy vọng một ngày nào đó sẽ trở thành chính con người.
chả khác quái gì Infinite Stratos cả. Có chăng chỉ là thay bộ giáp IS thành Tinh linh thôi. Trong một thế nơi nơi chỉ có nữ giới mới có thể lập giao ước với các Tinh linh và dùng sức mạnh của chúng, tự nhiên lòi đâu ra một thằng tên Kazahaya Kamito có thể làm được điều đó. Và tệ hơn nữa là sau khi thó mất một Tinh linh hình kiếm có thể hóa thành gái từ một cô nàng tên Claire, cậu bất đắc dĩ thành slave cho nhỏ đó luôn.
Ở tầng dưới cùng của tòa nhà trong khu mua sắm, có một quán ăn tự phục vụ gọi là "Youshoku no Nekoya" có hình minh họa một con mèo ở cửa. Nó đã được mở hơn năm mươi năm và đã làm hài lòng rất nhiều khác. Mặc dù nó được gọi là quán cà phê phương Tây, nhưng nó cũng cung cấp các loại thực đơn khác. Đối với người dân của thế giới này, đó là quán ăn đặc biệt duy nhất của họ