Sau sự kiện của Dead Space, tập đoàn C.E.C đã mất liên lạc với tàu USG Ishimura và căn cứ trên hành tinh Aegis VII. Không lâu sau đó, tàu USG O’Bannon được cử đi để điều tra tình hình, nhưng mọi chuyện đã không diễn ra một cách suông sẻ khi họ tìm thấy mảnh vỡ của Red Marker trên bề mặt của hành tinh đã bị tàn phá này.
Steam boy là bộ phim hoạt hình tiêu tốn nhiều kinh phí nhất trong lịch sử Nhật Bản với chi phí 2,4 tỉ Yên (khoảng 20 triệu $). Một bộ phim khoa học viễn tưởng với nhiều hiệu ứng hoành tráng được thiết kế công phu. Ngày phát hành Steamboy từ mùa thu 2003 đã được dời lại sang đầu năm 2004 do Katsuhiro muốn phần kết của phim phải được chau chuốt hoàn hảo.
Hậu quả của Chấn Động Thứ Tư, bị mắc kẹt mà không có Evangelion của mình, Shinji, Asuka và Rei tìm nơi trú ẩn tại một trong những ngôi làng hiếm hoi vẫn còn tồn tại trên Trái Đất đổ nát. Ở đó, họ sống một cuộc sống khác xa so với những ngày là một phi công Evangelion. Tuy nhiên, mối nguy hiểm đối với thế giới còn lâu mới kết thúc.
Trong Cuộc chiến Chén Thánh, các Pháp sư (Master) và các Anh linh (Người hầu) của họ chiến đấu để giành quyền kiểm soát Chén Thánh—một thiết bị ban điều ước toàn năng được cho là có thể đáp ứng mọi mong muốn
Aqualoid là một hành tinh thịnh vượng, nhưng một cuộc tấn công từ một lực lượng cuộc sống bí ẩn, Inorganics, biến nó thành một cái vỏ hậu khải huyền của cái cũ của nó. Khi Nam tìm thấy một thanh kiếm bí ẩn, anh ta đột nhiên là đối tượng của một cuộc săn đuổi toàn hành tinh.