Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
2 năm đã trôi qua trên trên hòn đảo Hatsune yên bình. 1 buổi chiều tối, 1 cô gái bí ẩn xuất hiện và ngã gục trước mặt Asakura Junichi, cô đang tìm kiếm bà Sakura, người đã khuất. Vì cô ko còn nơi để đi, nên Junichi quyết định giữ cô ở lại.
Hằng năm, hoa anh đào nở rộ khắp hòn đảo Hatsunejima luôn ban điều ước của mọi người thành sự thật, đó là 1 điều bí ẩn mà vẫn chưa ai giải thích được Asakura Jun’ichi, người có khả năng nhìn thấy mọi giấc mơ của người khác khi đang ngủ, ngoài ra còn có khả năng tạo bánh ngọt loại nhỏ do bà của anh truyền lại. Rồi 1 ngày nọ, Jun’ichi thấy 1 cô gái, người bạn ấu thơ của anh, xuất hiện đứng kế bên cây hoa anh đào lớn nhất trong giấc mơ của mình. Tuy nhiên, trước khi Jun’ichi kịp khám phá người đó
The new "slapstick" story will depict Komugi-chan and her rivals as they juggle their daily lives as students, idols, and magical girls "with laughter and tears."
Vui vẻ,hạnh phúc,đau khổ,đó là những cảm xúc vốn có của mỗi con người.Nó có thể khiến con người ta lạc lối cũng có thể giúp cho ta trưởng thành. Nhưng muốn trưởng thành được ta phải chiến đấu với nó. Câu chuyện của chúng ta cũng xoay quanh các cô gái với nhiều cảm xúc khác nhau và những cảm xúc đó đã biến thành 1 con người khác của họ tại 1 thế giới khác và đang ngày đêm chiến đấu cho đến chết