The story is set in August of 2026 at the Fuji Training Facility. Natori Touko, a third-year middle school student in the Eastern Private Defense Academy, is entrenched in field training with instructor Kamiya. It has been a harsh training regiment, but it is finally the last day. Kamiya proposes a extracurricular class under the name Newest Weapons Research. But then, an incident occurs that rocks all of Japan.
Đã từ rất lâu, quốc gia này bị vây quanh bởi Đế Quốc Giadian, nơi chế tạo những drone được gọi là Legion. Sau nhiều năm nghiên cứu, Cộng Hòa đã chế tạo thành công những drone tự động, biến trận chiến 1 chiều thành cuộc chiến không thương vong—hoặc ít nhất thì đó là những gì chính quyền tự nhận.
Hellsing, một tổ chức bí mật của Vương Quốc Anh, bao đời qua đã chiến đấu bảo vệ con người khỏi những sinh vật bóng đêm. Vị giám đốc đương nhiệm, Integra Wingates Hellsing đã dẫn dắt đội quân tinh nhuệ của mình chống lại những sinh vật đó, nhưng kẻ mà cô tin tưởng nhất là Alucard, một ma cà rồng đầy sức mạnh. Cùng với Integra là vị quản gia bí ẩn và thuộc hạ của Alucard, Seras Victoria
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
Lấy bối cảnh thành phố Thượng Hải năm 1931, vào thời điểm quân đội Hoàng gia Nhật Bản bị trục xuất khỏi Trung Hoa Đại Lục do kết quả của cuộc chiến Trung-Nhật, Nga – Nhật và Thế chiến I . Câu chuyện kể về 1 tổ chức tình báo tên là “Sakurai Kikan” bị lãng quên trong dòng lịch sử đó.