Câu chuyện được đặt ở New York được thắp sáng với đèn Giáng sinh. Nhân viên cảnh sát Tokyo Metropolitan Akari Kido chỉ đạo giao thông trong chương trình đào tạo trao đổi quốc tế của cô, khi một nhân vật phù thủy thích kéo một trò chơi Lễ Giáng sinh. Ngay trước khi một chiếc xe tải chạy trốn đột nhập vào Akari, một cô gái bí ẩn xuất hiện và hét lên, Tôi sẽ bảo vệ New York và Akari!
Ở cuối phần trước, Thiếu tá Kusanagi Motoko đã không còn làm việc cho đơn vị 501 nữa, giờ cô đã được Aramaki tuyển vào Section 9. Và trong khi còn chưa tuyển được thành viên cho đội đặc nhiệm của riêng mình, một kẻ thù tân công toàn bộ hệ thống điều khiển giao thông của thành phố, chỉ có cô và con Logicoma của mình có thể ngăn chặn hắn, tuy nhiên cô không thể làm việc này một mình...
kể về Guts được sinh ra từ người mẹ treo cổ mình và phát hiện bởi một nhà lãnh đạo đánh thuê, Gambino, người dạy kiếm thuật Guts và tuyển mộ anh trong nhóm lính đánh thuê. Sau một trận chiến khủng khiếp, Gambino là tê liệt với Guts trái là trụ cột gia đình.
Trong Dirge of Cerberus: Final Fantasy VII, người hùng của bạn sẽ không còn là chàng dũng sỹ Cloud Strife với thanh gươm to vật vã đeo đằng sau lưng mà là Vincent Valentine - tay súng cừ khôi nhất trong tất cả các nhân vật thuộc dòng tộc FF, người mang trong mình dòng máu loài quái vật “Cerberus” (chó địa ngục).
Hai năm đã trôi qua, kể từ khi Cloud sử dụng năng lượng “Dòng sinh mệnh” để ngăn chặn sự huỷ diệt của Jenova, cả hành tinh tưởng chừng chỉ toàn những màu xanh của cây cối.