Một cặp vợ chồng của các nhà khoa học đã bị bắt vì tiến hành các nghiên cứu bất hợp pháp, được cho là đã thực hiện việc sửa đổi gen trên năm đứa con của họ. Cậu bé Dannis, là người duy nhất lớn lên như một con người bình thường, và đã trở thành thành viên duy nhất trong gia đình cố gắng tìm một loại thuốc để biến chúng thành người bình thường trở lại.
Cafe Kuronekotei là một quán cà phê nằm ở một góc của quận 5 của Cố đô. Những cô gái làm việc ở đó là những con búp bê cơ khí tự động (automata), đỉnh cao của công nghệ hiện đại. Chúng được tạo ra để làm vũ khí chiến đấu trong cuộc đại chiến, nhưng chiến tranh giờ đã kết thúc.
Yusuke Yotsuya là một học sinh lớp 9, sống thực tế, không thân thiện và không hề tham gia bất cứ hoạt động trong CLB nào. Đến một ngày nọ, cậu cùng hai người bạn nữ cùng lớp đã bất ngờ bị chuyển đến một thế giới khác, nơi mà họ phải hợp tác với nhau để chống chọi lại cuộc sống ở thế giới mới
Hiiragi Utena luôn ngưỡng mộ những cô gái phép thuật và mơ tưởng về việc biến hóa thành một nữ anh hùng mạnh mẽ chiến đấu chống lại ác độc. Vì vậy, khi một hình ảnh giống búp bê tiếp cận cô một buổi tối, tuyên bố rằng cô ấy có sức mạnh phép thuật tiềm ẩn bên trong, cô run rẩy vì hồ hởi
500 năm trước một đứa trẻ dị giáo được mang lên thiên đình và giao vào tay Konzen Douji chăm sóc, tại đây Goku – đứa trẻ ấy đã tìm được những người bạn thật sự của mình. Khi chứng kiến Nataku chết trước mặt, Goku đã nổi điên và giết hết tất cả binh lính của thiên đình có mặt tại nơi đó.