Bị coi là kẻ thù của quốc gia, rô-bốt siêu chiến binh chật vật tìm kiếm lý tưởng xứng đáng để đấu tranh tại một xã hội đen tối, nơi chẳng có gì giống như bề ngoài.
Là học sinh của học viện tư thục Takafuji, một nơi rộng lớn với hơn 6000 học sinh, Oojima Yuuki cùng với 7 người bạn, trong đó có cả người bạn thuở nhỏ tên Sumiyoshi Chisato, là thành viên của CLB Nghiên cứu thức ăn (Shokuhin kenkyuu-bu), gọi tắt là Shokken. Họ thường không sinh hoạt gì, và chỉ nhàn rỗi qua ngày.
Komiya Nonoka, một cô gái đã từng sống tại thị trấn hồ Kiriya, tại đây cô đã gặp một cô gái tóc xanh tên Noel. Bảy năm sau, khi Nonoka quay trở về lần nữa thì thị trấn lúc này đã có một vật hình đĩa lơ lửng trên bầu trời. Và khi gặp lại Noel, Noel nói giờ đến lượt Noel sẽ thực hiện lời hứa thành hiện thực.
Câu chuyện xoay quanh cô bé Suzumiya Haruhi, học sinh mới nhập trường, với lời tuyên bố trước lớp: “Tôi không thích người bình thường. Nếu các người là người ngoài hành tinh (Allien), người tới từ tương lai, hoặc siêu nhân, thì hãy nghĩ đến chuyện làm bạn với tôi.
Phía Tây của Tokyo, nơi được gọi là thành phố học viện vì 80% trong tổng số 2,3 triệu dân ở đây là học sinh. Những học sinh ở đây phải trải qua chương trình học đặc biệt để phát triển sức mạnh tâm linh. Tùy theo năng lực, người ta nhóm các học sinh này thành 6 mức độ, từ mức 0 (không có năng lực) đến mức 5 (siêu năng lực) Kamijou Touma là một học sinh tuy bị xếp mức 0 nhưng lại sở hữu "Imagine Breaker" có thể hóa giải được bất kì loại sức mạnh nào. Ở phần 1, anh đã cứu Index khỏi các ma thuật