bối cảnh thành phố Tokyo hiện đại trong tương lai.Một trường trung học cơ sở biến thành một trạm quản lí thời gian và không gian ở thế kỉ 24.Ở nơi này mọi người có thể đi đến tương lai và quá khứ để tìm hiểu được lịch sử, những kiến thức mà học sinh được học thực chất là một lời nói dối và buộc họ phải tìm về với những ngày xưa để biết thêm về nó.
Bối cảnh phim diễn ra tại Tokyo năm 1969. Trái đất đang bị tấn công bởi những kẻ xâm lược (Invader).. Tuy nhiên công chúng lại không hề biết điều này. Để chống lại những cuộc tấn công của Invader, một tổ chức bí mật là A.E.G.I.S đã được thành lập.
Kazuki một anh chàng có khả năng nhìn thấy những hình ảnh của các robot đánh nhau và viết lại thành một trang wed vì vậy cậu ta luôn bị xem là một kẻ lập dị.
Makunouchi Ippo là một học sinh Trung Học bình thường ở Nhật Bản. Kể từ khi cậu dành hết thời gian học tập ở trường để phụ giúp mẹ của cậu ấy trong việc kinh doanh của gia đình cậu đã không có được một tuổi thơ như bao người bạn đồng trang lứa khác. Cậu luôn là mục tiêu bị bắt nạt ở trường (Công việc kinh doanh của nhà cậu liên quan đến đánh bắt cá, nghề này có một mùi đặc trưng), cuộc sống của Ippo luôn gặp phải những sóng gió.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên