Đã có nhiều trường hợp các bài hát bị đánh cắp xảy ra ở quận Yokohama gần đây của các thần tượng. Ngay cả siêu thần tượng Marine Amagi ca khúc hit của "Kiseki no Uta" cũng đã bị lấy đi. Theo yêu cầu của Marine, nhóm Milky Holmes bắt đầu điều tra vụ việc.
Năm U.C 0087, 7 năm sau One Year War. Titan, một tổ chức tập trung tất cả tinh túy của Earth Federation được thành lập nhằm tiêu diệt những thế lực chống đối. Tuy nhiên Titan sớm trở nên mất kiểm soát, thi hành những chính sách tàn bạo với cả Trái Đất và không gian. Để chống lại Titan, những người dân bất mãn, thành viên cũ của Zeon và cả những người lính Federation tập hợp lại và thành lập tổ chức Anti-Earth Union Group hay AEUG. Một cuộc chiến mới đã bắt đầu.
Hinata Shouyou - anh main, sau khi xem xong 1 trận bóng chuyền nọ, đã thần tượng và mơ ước trở thành "Người khổng lồ tí hon", và gia nhập đội bóng chuyền của trường trung học. Sau khi tìm đủ thành viên, họ đã tham gia giải đấu liên trường, tại đây họ đã chạm trán với "Vua sân đấu" Kageyama Tobio và bị dập cho tả tơi. Dù thua nhưng Shouyou vẫn quyết tâm lên top và trả đũa Kageyama.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Sau cái chết của Toutaku Chuuei (Đổng Trác) và sự mất tích của Ryofu Housen (Lữ Bố) ở Season 1. tại Season 2 này Sonsaku Hakufu (Tôn Sách), cùng với Ryuubi Gentoku (Lưu Bị) sẽ chiến đấu với ma vương Sousou Moutoku (Tào Tháo), ai sẽ là người chiến thắng xem sẽ rõ