Zaidanhoujin Occult Designer Gakuin câu chuyện xoay quanh Maya, con gái của cựu hiệu trưởng của Học viện Waldstein, và một thời gian đi du lịch đại lý Fumiaki Uchida. Trong năm 2012, thế giới đã bị xâm chiếm bởi người ngoài hành tinh và khách du lịch thời gian đã được đưa trở lại vào năm 1999 để tìm và tiêu diệt các Nostradamus Key, mà Nostradamus Prophecy báo trước như những gì sẽ mang lại sự khải huyền.
Hinako Nakayama đã trải qua cả cuộc đời mình được nuôi dưỡng trong các trại trẻ mồ côi của nhà nước mà không hề biết gia đình cô. Khi cô ấy bước vào trường trung học, Hinako được tiếp cận bởi Hikaru, một cậu bé tự nhận là người anh em sinh đôi của mình. Theo Hikaru, Hikaru và Hinako là những đứa trẻ của người đứng đầu gia đình Onigashima yakuza hùng mạnh
Truyện kể về Michi Sonoda, người đã dự định bỏ judo sau giải đấu cuối cùng của cô ở trường trung học cơ sở cho đến khi người bạn thân nhất của cô là Sanae Takigawa mời cô tiếp tục chơi judo ở trường trung học.
Học sinh lớp 3E có một nhiệm vụ: giết thầy giáo của họ trước khi tốt nghiệp. Ông ta đã phá hủy mặt trăng, và giao kèo là sẽ phá hủy Trái Đất nếu ông ấy không bị giết trong vòng một năm. Nhưng làm sao lớp học này có thể giết một tên quái vật xúc tu - sinh vật có thể đạt đến tốc độ 20 Mach - sinh vật có thể là thầy giáo tuyệt vời mà học sinh từng có?
Phần chính của cốt truyện diễn ra tại một trường trung học ở Nhật Bản. Nhân vật Kyousuke từng nhận xét rằng "thế giới này có một bí mật", Kengo và Masato cũng để ý đến điều đó. Các nhân vật sống trong một ký túc xá nam và nữ được xây tiếp giáp với khuôn viên trường.