Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.
Có một thành phố được ngăn cách với bên ngoài bởi biển. Nơi đây tập trung phần lớn các nhà thám hiểm và các thương nhân từ khắp mọi nơi trên thế giới về. Thành phố được xem như là kho báu có giá trị to lớn đối với thế giới. Câu chuyện diễn ra tại 1 tòa biệt thự nằm ven biển, thành viên trong đây được biết đến là tổ chức Oasis, gồm 1 chàng trai và ... cô gái
Sakura nay đã 14 tuổi và bắt đầu đi học Trung học cùng với bạn bè, trong đó có Syaoran, người vừa trở về Tomoeda. Sau khi trong giấc mơ xuất hiện một người mặc áo choàng bí ẩn, tất cả những lá bài của Sakura trở nên trống rỗng và trở nên vô dụng, và vì thế cô bắt đầu nhiệm vụ đi điều tra đã có chuyện gì xảy ra.
Karin Hanazono là một cô bé bình thường, không giỏi thể thao, lại luôn bị điểm kém, cô bé sống cùng người dì sau khi cha mẹ mất...Cho đến một ngày, Shii-chan - vật cưng và cũng là người bạn thân duy nhất, chỗ dựa tinh thần của Karin qua đời, cuộc sống của cô bắt đầu thay đổi.Một kẻ đáng ghét tên là Kazune xuất hiện khi cô đang đau buồn vì chuyện của Shii-chan, và rồi.
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.