Hiiragi Kyouichirou đi từ thị trấn tỉnh đến Tokyo để theo học đại học. Anh mang theo thanh kiếm của gia đình để bảo vệ bản thân. Khi cậu đến Tokyo, cậu bị cuốn vào âm mưu của quân đội Hoàng gia.
Cuộc sống cuả Shinozaki Mikoto - cậu học sinh lớp 10, là một chuỗi những công việc đều đặn, chán ngắt: đến trường, về nhà, đến trường và về nhà…. Cuộc đời cậu bắt đầu thay đổi khi cô bạn cậu thầm mến - Yuki Fukazawa, mời cậu vào câu lạc bộ đua xe đạp cuả trường và cậu đã từ chối với lí do không biết đi xe đạp
Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
Trong một tuơng lai không xa con người đã thành công trong việc định cư trên vũ trụ với các Colony khổng lồ trên quĩ đạo Trái Đất.Năm bắt đầu xây dựng các Colony được tính là năm After Colony thứ nhất.Trong một khoảng thời gian dài các Colony đã thành công trong việc bảo vệ nên độc lập của mình với Trái Đất
câu chuyện tiếp theo của hai phần trước vô cùng thành công.Phần 3 này sẽ đưa đến thêm những nhân vật hoàn toàn mới với câu chuyện vẫn xoay quanh Makoto Naegi và bạn bè của mình.Kyoko Kirigiri, Yasuhiro Hagakure và Aoi Asahina và những người bạn mới sẽ phải trải qua những khó khăn và thử thách nào trong phần 3 đầy gay cấn này?