Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới khác tên là Yamauchi, được cai trị bởi gia tộc Yatagarasu, những người có khả năng biến đổi giữa hình dạng người và quạ.
Câu chuyện xảy ra vào thời đại mà nhờ các thành tựu từ các thành phố trong khôn gian, 70% nhân loại đều đã sống bên ngoài không gian. Không gian giờ được kiểm soát bởi 2 thế lực lớn "Liên hiệp quan sự khối Dorushia" và "Vành đai hợp chủng quốc Hoa Kỳ đại tây dương" (ARUS). Có một nước trung lập tên Jiouru có nền công nghiệp rất phát triển.
Bối cảnh chuyện đặt trong những năm 2013. Được nuôi dạy như người thuộc tầng lớp ưu tú nhất từ năm 2 tuổi, 1 cậu bé tên Shion sống trong 1 khu vực đặc biệt được gọi là No.6. Trong đêm sinh nhật thứ 12 của mình, cậu cứu được 1 cậu bé tự xưng là “Nezumi”(Chuột). Nezumi đang tìm cách trốn thoát khỏi Khu Vực An Ninh Đặc Biệt (Special Security Area) của thành phố. Kể từ giây phút đó, cuộc đời của Shion đã thay đổi mãi mãi…
Pokémon Evolutions được ra mắt để kỷ niệm 25 năm ngày phát hành trò chơi gốc của Nintendo.
Matsuri là một người thuộc dòng dõi chuyên diệt trừ các ayakashi. Cậu có một cô bạn thanh mai trúc mã là Suzu. Cô gái này là một “ayakashi miko”, người có nguồn năng lượng sự sống mạnh mẽ giúp tăng cường sức mạnh tâm linh cho yêu ma.